Szlovák Paradicsom területének 90 %-t erdők borítják. Nagyobb részük bükk és jegenyefenyő vegyes erdők, a szakadékokban és peremrészeken lucfenyő a jellemző. Értékesek a mészkőszirtek meredek oldalain növő erdei fenyő és vörös fenyő maradványegyedek. A sokszínűséget hársfa és juhar erdők valamint égerfa ártéri erdők egészítik ki.

A nemzeti parkra jellemző a szakadékokban a fajták fordított előfordulása – vertikális inverzió. Ez idézi elő, hogy magasabb szinteken melegkedvelő növényzet nő és élőlény él, a szakadékok mélyén pedig a hűvösebb klímát kedvelő állat- és növényfajok találhatók.

A tagolt domborzat és annak összetétele a növényvilág széles skálájának biztosít életteret. Csaknem 1 000 magasabb rendű növényfajta található itt, közülük 35 védett növényfaj. Napos sziklaszirteket kedvelő növények mellett, réti virágokat, az erdő árnyékában megbúvó, de a szorosok és szakadékok alján élő, hideget kedvelő növényzetet is találunk. A paradicsomi természetet kora tavasztól késő őszig ritka és veszélyeztetett virágok ékesítik, úgymint kökörcsin, szibériai hamuvirág, magyar nőszirom, henye boroszlán, havasi gyopár, boldogasszony papucsa – a legnagyobb szlovák orchidea és még sok egyéb.

A Szlovák Paradicsomban eddig több mint 4 000 gerinctelen állatfajtát találtak és a gerincesek 200 fajtáját, ezek közöl 130 védett és 65 fajtát a kihalás veszélye fenyeget. A ragadozók közül élőhelyet talál magának barnamedve, hiúz, farkas és vadmacska. A turistaösvényeken zergével találkozhat a természetjáró, ez itt nem őshonos állat, 1963-ban telepítették ide. A magas sziklaszirtek pedig a ragadozó madarak otthona, a veszélyeztetett fajok közül a kőszáli sas és a rárósólyom él itt. Szintén a kihalás veszélye fenyegeti siketfajdot. A barlangokban több denevérfaj talált lakóhelyet, közülük veszélyeztetett a bajuszos denevér és a horgasszőrű egérfülű denevér. Víz közelében él a folyami vidra és a kétéltű kárpáti tarajos gőte. Ezen a vidéken több mint 2 000 lepkefajta fordul elő, mintegy 30 fajt a védett rovarok közé soroltak, közöttük a legnagyobb nappali lepkét, a nagy apollólepkét is.

A Szlovák Paradicsom ritka szépségű és ritka értékekkel bír, ezért a sebezhető természet megóvása érdekében úgynevezett „csendes zónákat” alakítottak ki, ide a természetjárók nem látogathatnak el, feladata megóvni az eredeti természeti környezetet és a védett és veszélyeztetett fajokat fenntartani.