До 90 % территории Словацкого рая покрывают леса. Преобладают буковые и смешанные буково-пихтовые леса, в ущельях и окраинных частях еловые. Редкими являются реликтовые сосновые и лиственничные насаждения на самых экстремальных скалистых местах. Разнообразие дополняют липа-яворовые леса на осыпях и щелочные, прежде всего ольховые леса.

Одним из наиболее бесценных явлений в национальном парке является вертикальная инверсия в ущельях. Благодаря ней на выше размещенных местах встречаемся с теплолюбивыми видами растений и животных, и с холодолюбивыми на дне ущелий.

Пересеченный ландшафт и его состав образуют пространство для разнообразной шкалы растительного царства.

Встречаемся с почти 1 000 видами высших растений, в т.ч. 35 охраняемых видов. Здесь находятся растения, которые любят солнечные скальные утесы, луговые цветы, тенелюбивые растения, а также холодолюбивые Suchá Belá виды которые растут на дне ущелий и оврагов.

Природу Словацкого рая украшают с ранней весны до предзимья бесценные и находящиеся под угрозой виды как напр. прострел словацкий, бузульник сибирский, ирис беслистный венгерский, волчеягодник пахучий, сушеница альпийская, самая большая словацкая орхидея башмачок и другие.

В Словацком рае было до сих пор обнаружено более 4 000 видов беспозвоночных и 200 видов позвоночных, в т.ч. 130 охраняемых видов и 65 находящихся под угрозой. Из шищных животных здесь редко встречаются бурый медведь, обыкновенная рысь, серый волк и дикая кошка. Также на туристическом маршруте можно встретить серну альпийскую, которая была в Словацком Рае выпущена в 1963 году. Скальные утесы – дом хищных птиц, из видов находящихся под угрозой здесь живет орел горный и малый подорлик. Бесценным и находящимся под угрозой видом является копалуха. Пещеры – дом многих видов летучих мышей, из которых под угрозой находятся ночница усатая и ночница наттерера. Около воды живет бесценная порешня, из земноводных животных карпатский тритон. Из более 2 000 видов бабочек является почти 30 видов охраняемых, в т.ч. самая большая дневная бабочка Апполон.

Для охраны бесценной и хркпкой природы Словацкого рая были созданы т.н. «зоны тишины», места недоступные для туристов, которых задачей является охрана первобытной окружающей среды и сохранение охраняемых и находящихся под угрозой видов.